南苏丹历经多年战乱，各地小规模冲突时有发生，民间枪支泛滥，各地治安状况普遍较差，暴力犯罪频发。2016年7月首都朱巴曾爆发大规模武装冲突，在南中资企业员工和华侨一度撤离。来南人员应加强安全防范，保持警惕，提高自我保护意识，避免夜间外出，避免前往治安问题高发区域和冲突地区。

南苏丹地处热带，热带传染病较多，主要是疟疾、霍乱、伤寒、痢疾等。其他传染病包括麦地那龙线虫病、昏睡病、布鲁里溃疡、血吸虫病、埃博拉病、象皮病及麻风病等。南苏丹公共卫生条件极差，缺医少药，孕产妇及婴儿死亡率居世界前列。建议来南人员自带治疗疟疾、驱除蚊虫的药物及个人常用药和蚊帐。入境后，如发现身体不适，出现发烧、肌肉关节酸痛等症状，应尽快到当地医院检查就医。南疟疾、伤寒高发，如不能及时确诊，建议采取排除法，先服用自备抗疟药。南雨季蚊蝇较多，需格外重视防蚊防疫措施，建议有条件的处所定时组织喷洒灭蚊药剂。

南苏丹常年高温，各类病源微生物繁殖快，食品容易腐败变质，易引发食物中毒。易腐败变质的食品以冷荤、凉菜、剩饭和肉制品等为主，应注意低温保存、尽快食用。烹饪过程中生熟交叉污染、原料不及时冷藏、食材未烧熟煮透等，是引起霍乱、伤寒等肠胃疾病的重要原因，请务必注意烹饪卫生。