科摩罗群岛属湿热海洋性气候，年温差变化不大，雨量充沛。

全年大致可分为两个季节，即雨季和旱季。雨季从11月至来年5月，气温较高，湿度较大，多刮北风或西北风，时有暴雨。旱季从6-10月，气候较凉爽，空气相对较干燥，有时有较强的南风，并有雨。年平均气温23-28℃，最高气温约35℃，最低约20℃。年降雨量为1000—2500毫米，2月和3月降雨最多。不论在旱季或雨季，湿度都较大，相对湿度全年平均为70-80%。