南苏丹首都朱巴是南航空枢纽，提供国内、国际民航、货运和商业包机服务。目前朱巴有往返苏丹首都喀土穆、埃塞俄比亚首都亚的斯亚贝巴、肯尼亚首都内罗毕、阿联酋迪拜、乌干达首都坎帕拉、埃及首都开罗的国际航班。国内主要城镇设有简易机场，运营国内航线。

南苏丹各州间有长途客车，但车辆陈旧，道路多为土路，路况差，雨季期间不少道路无法通行。朱巴至尼穆勒（临近乌干达的边境城市）的跨境公路是目前南商品进出口的主要通道。

南苏丹首都朱巴无公交系统，仅有民营的各式面包车往返载客，车况差，事故频发。当地人多选用被称为“Boda Boda”的个人营运摩托车作为市内交通工具。