菲莱神庙修建于古埃及第三十王朝托勒密时代与罗马统治时代，其建筑也融合了法老时代与古希腊罗马时代的建筑风格，由尼克塔尼布亭、柱廊、伊西斯神庙等几部分构成。

菲莱神庙原坐落在尼罗河的菲莱岛上，该岛是传说中掌管生育和繁衍的女神伊西斯的居住地，也是法老时代的圣岛。公元前7世纪努比亚人在卢克索建立了自己的王国后，菲莱岛的地位更为突出。古埃及最后一位本土法老尼克塔尼布为祭祀女神伊西斯，于公元前350年左右建造了菲莱神庙。

阿斯旺大坝建成后，菲莱岛被完全淹没。为拯救这座珍贵古迹，埃及政府在联合国教科文组织的帮助下展开抢救工作。专家和工程人员先用铁板将菲莱岛与湖水隔开，抽干岛上的积水后将菲莱神庙切割成数万块，运送至附近的艾吉莱克岛后，按原貌重新组装起来。整个工程于1979年竣工。目前游客可以乘当地特色的帆船前往艾吉莱克岛参观菲来神庙。