苏丹国家博物馆分为两层，一楼展出的主要是古埃及时期的文物，也包括苏丹历史上尼罗河流域几个重要的时期的文物；二楼展出的是古代基督教壁画，壁画馆光线的设计很专业，柔和的光线从屋顶的圆孔中泻下，正映在壁画的关键部分。在周围暗淡的环境映衬下，更突出了壁画的精髓，虽然多数壁画因为年代久远或宗教斗争的原因，已经残缺不全了。从展览厅的二楼，可以看到博物馆前半部分的整体布局。

博物馆大院内还有三个玻璃房子，每个玻璃房子中各保存一座神庙。这些神庙原来位于苏丹北部靠近埃及边界的尼罗河两岸。由于埃及在上世纪50年代修建阿斯旺水库，为了保护这些神庙不被上涨的河水淹没，所以对它们实施异地保护，被化整为零搬迁到喀土穆，然后按原样拼装起来。圣庙中有精美的彩色壁画和象形文字浮雕。此外，博物馆里有很多带有埃及味道的小型雕塑。